Bioinformatics/Etc

bigwig format

김개발^^ 2022. 3. 21. 11:05
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  • bigWig format은 Genome Browser에 그래프로 표시될 조밀하고 연속적인 데이터를 표시하기 위한 것.
  • BigWig file은 초기에 wigToBigWig 프로그램을 사용하여 wiggle format file로부터 생성함. bam file에서도 얻을 수 있음.
  • bigWig file은 index가 생성된 binary 형식.
  • bigWig file의 주요 장점은 특정 영역을 표시하는 데 필요한 부분만 UCSC로 전송되므로 대용량 datasets의 경우 bigWig가 일반 wiggle file보다 훨씬 빠름.
  • wig -> bigwig 용량도 줄어들고 ramdom access(임의접근)가 가능해짐
  • GC content, conservation scores, transcriptome 데이터를 저장할 때 유용하게 사용됨

 

참고

https://genomebrowser.wustl.edu/goldenPath/help/bigWig.html

https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bigWig.html#optional

 

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