김개발의 생명정보학

졸업을 했고 또 입학을 하고 또 GPU 세팅을 하게 된 나...ㅎ 이번엔 내 로컬 PC다!!! 렙업을 해서 이제 로컬 PC에 GPU를 달 수 있게 됨 (물론 일도 엄청 해야 함) 내가 해야할 일은 Ubuntu 22.04에 NVIDIA GeForece RTX 4090 GPU를 세팅하고 Docker도 세팅하고 Alphafold도 세팅하고 테스트까지 마치는 게 목표임 시작! 먼저 (당연히 알고 있지만) 내 PC의 OS 확인 $ cat /etc/*release DISTRIB_ID=Ubuntu DISTRIB_RELEASE=22.04 DISTRIB_CODENAME=jammy DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 22.04.3 LTS" PRETTY_NAME="Ubuntu 22.04.3 LTS" NAME=..

# 새 tmux 세션 시작: tmux # 스크립트 실행 ./your_script_name.sh tmux 세션에서 분리(백그라운드에서는 계속 실행됨): Ctrl + b 후 d 누르기 # tmux 세션 목록 확인: tmux list-sessions # 특정 tmux 세션에 다시 연결: 세션 ID나 이름(예: 0, 1, 2 등)을 사용하여 연결 tmux attach -t [session-id] 세션 종료 세션 내에서 exit를 입력하거나 Ctrl + b 후 &를 눌러 세션을 종료

# 현재 디렉토리의 하위 디렉토리 갯수 echo $(( $(find . -maxdepth 1 -type d | wc -l) - 1 )) # 현재 디렉토리의 하위 파일 갯수 find . -maxdepth 1 -type f | wc -l

conda create -n gdc_python3 python=3.6.10 libxml2 libxslt libffi six requests progressbar2 intervaltree termcolor jsonschema pyyaml lxml conda activate gdc_python3 conda install -c anaconda gcc_linux-64 gxx_linux-64 git clone https://github.com/NCI-GDC/gdc-client cd gdc-client pip install -r requirements.txt # trouble shooting cd $CONDA_PREFIX/lib/python3.6/ ln -s _sysconfigdata_m_linux_x86_64-l..

# 메모리 확인 free -m # 버퍼 캐시 삭제 sudo sysctl -w vm.drop_caches=2