김개발의 생명정보학

졸업을 했고 또 입학을 하고 또 GPU 세팅을 하게 된 나...ㅎ 이번엔 내 로컬 PC다!!! 렙업을 해서 이제 로컬 PC에 GPU를 달 수 있게 됨 (물론 일도 엄청 해야 함) 내가 해야할 일은 Ubuntu 22.04에 NVIDIA GeForece RTX 4090 GPU를 세팅하고 Docker도 세팅하고 Alphafold도 세팅하고 테스트까지 마치는 게 목표임 시작! 먼저 (당연히 알고 있지만) 내 PC의 OS 확인 $ cat /etc/*release DISTRIB_ID=Ubuntu DISTRIB_RELEASE=22.04 DISTRIB_CODENAME=jammy DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 22.04.3 LTS" PRETTY_NAME="Ubuntu 22.04.3 LTS" NAME=..

이 이야기는 졸업을 한달 남짓밖에 남지 않았던 나에게 닥친 GPU 세팅에 관한 대서사시이다. 우리 랩실에는 여러 대의 서버가 있지만 그 중 한대가 말썽을 일으켰다. 그 서버의 OS는 Ubuntu 20.04.6 LTS 를 사용 중이고 GPU는 아래와 같이 세개를 사용 중이다. NVIDIA GeForce RTX 2080 Ti NVIDIA GeForce RTX 3090 NVIDIA GeForce RTX 3090 지금 하고 있는 프로젝트를 도커 이미지로 배포하기 위해서 Docker도 사용 중인데, 시스템 재부팅 이후로 docker run이 되지 않는 것이다!!! 근데 docker run이 아니라 docker run --gpus 옵션이 안먹는 거였음 ㅋ 하지만 난 딥러닝 모델을 써야하는걸? GPU를 써야하는걸? ..

# docker image를 tar 파일로 save docker save -o 도커파일명.tar 도커이미지이름 # docker image tar파일로 sif로 생성 singularity build 파일명.sif docker-archive://도커파일명.tar # singularity 컨테이너 실행(--nv는 GPU 사용을 위한 옵션임) singularity shell --bind /proc:/proc --nv 파일명.sif

으로 표시되는 Docker 이미지는 주로 다음 두 가지 경우에 생성됩니다: 빌드 중간에 생성된 이미지: Docker는 이미지를 빌드할 때 Dockerfile의 각 명령어에 대한 중간 이미지를 생성합니다. 이 중간 이미지는 캐싱 목적으로 사용되며, 다음 번 빌드에서 재사용될 수 있습니다. Dockerfile의 특정 단계에서 오류가 발생하면, 그 단계 이전에 생성된 중간 이미지는 repository와 tag가 으로 설정됩니다. 태그가 제거된 이미지: 이미지의 태그를 명시적으로 제거(docker rmi 등의 명령어로)하면, 해당 이미지의 repository와 tag는 으로 설정됩니다. 으로 표시되는 이미지는 일반적으로 사용되지 않으며, 필요에 따라 안전하게 삭제할 수 있습니다. 이러한 이미지를 삭제하려면 다음..