김개발의 생명정보학

conda install jupyter conda install nb_conda conda install ipykernel source activate myenv python -m ipykernel install --user --name myenv --display-name "Python (myenv) 에러가 났다기보단 내 conda env를 못불러와서 설정을 해줬는데 설정된 척만 되고 (jupyer kernel 목록엔 뜨지만 kernel change 하고 코드 실행해보면 실제로 그 안에 설치된 패키지일텐데도 모듈 못찾는다고 뜸) 안되는 문제가 생겼음... 위 순서대로 실행해주니 잘 된다 흑흑 nb_conda 문제였던 것 같음...

bigWig format은 Genome Browser에 그래프로 표시될 조밀하고 연속적인 데이터를 표시하기 위한 것. BigWig file은 초기에 wigToBigWig 프로그램을 사용하여 wiggle format file로부터 생성함. bam file에서도 얻을 수 있음. bigWig file은 index가 생성된 binary 형식. bigWig file의 주요 장점은 특정 영역을 표시하는 데 필요한 부분만 UCSC로 전송되므로 대용량 datasets의 경우 bigWig가 일반 wiggle file보다 훨씬 빠름. wig -> bigwig 시 용량도 줄어들고 ramdom access(임의접근)가 가능해짐 GC content, conservation scores, transcriptome 데이터를 저장할..