김개발의 생명정보학

1. Cancer type과 Cancer subtype의 차이점: Cancer type은 암이 발생한 기관이나 조직에 따라 구분되는 암의 큰 범주입니다. 예를 들어, 유방암, 폐암, 대장암 등과 같이 암이 발생한 부위에 따라 나뉩니다. Cancer subtype은 암의 타입 내에서 더욱 세분화된 분류입니다. 이는 암 세포의 생물학적 특성, 유전자 변화, 발현 패턴 등에 따라 구분할 수 있습니다. 암의 하위 유형은 치료법과 예후 예측에 중요한 역할을 합니다. 예를 들어, 유방암은 여러 하위 유형으로 분류되며, 각 하위 유형마다 치료 전략과 예후가 다릅니다. 2. Cancer stage와 Cancer grade의 차이점: Cancer stage는 암의 진행 정도를 나타내는 척도로, 암이 얼마나 확산되었는지에..

conda install jupyter conda install nb_conda conda install ipykernel source activate myenv python -m ipykernel install --user --name myenv --display-name "Python (myenv) 에러가 났다기보단 내 conda env를 못불러와서 설정을 해줬는데 설정된 척만 되고 (jupyer kernel 목록엔 뜨지만 kernel change 하고 코드 실행해보면 실제로 그 안에 설치된 패키지일텐데도 모듈 못찾는다고 뜸) 안되는 문제가 생겼음... 위 순서대로 실행해주니 잘 된다 흑흑 nb_conda 문제였던 것 같음...

bigWig format은 Genome Browser에 그래프로 표시될 조밀하고 연속적인 데이터를 표시하기 위한 것. BigWig file은 초기에 wigToBigWig 프로그램을 사용하여 wiggle format file로부터 생성함. bam file에서도 얻을 수 있음. bigWig file은 index가 생성된 binary 형식. bigWig file의 주요 장점은 특정 영역을 표시하는 데 필요한 부분만 UCSC로 전송되므로 대용량 datasets의 경우 bigWig가 일반 wiggle file보다 훨씬 빠름. wig -> bigwig 시 용량도 줄어들고 ramdom access(임의접근)가 가능해짐 GC content, conservation scores, transcriptome 데이터를 저장할..

glue라는 package가 R version 문제로 재설치 해줘야했음

R을 사용할 conda env 생성 후, [root]$ conda create -n R_env [root]$ conda activate R_env R 사용을 위한 패키지 다운로드 (R_env)[root]$ conda install -c r r-essentials RStudio Server 설치 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/ Install for Debian 10 / Ubuntu 18 / Ubuntu 20 [root]$ sudo apt-get install gdebi-core [root]$ wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-serv..